En 1994, con motivo del L aniversario de la ordenación presibteral de san Juan Pablo II, el artista Mario Toffetti donó al papa una fuente bautismal. Encima de la cuenca de la pila aparecía se representaba a Jesús siendo bautizado por San Juan Bautista, como levantándose.
En 2012 se estrenó una nueva fuente bautismal, que fue ideada por don Salvatore Vitiello y realizada por el arquitecto Alberto Cicerone que representa un olivo con raíces en la roca. Entre las hojas surge una esfera (puede verse cuando está cerrada) que representa el sol naciente, símbolo de Jesús.
Desde 2012, en la Vigilia Pascual celebrada en la Basílica de San Pedro se usa una nueva fuente bautismal, que representa una concha que simboliza el peregrinaje de los catecúmenos a la fe, y tiene grabado el escudo de armas de Benedicto XVI. Esta fuente se coloca también en la Plaza de San Pedro para la Misa del Día de Pascua.
