Antiguamente, el trono papal se colocaba en el ábside de la Basílica de San Pedro, donde se encuentra la cátedra del apóstol, bajo el vitral que representa al Espíritu Santo.
Como en ese lugar la mayoría de los fieles no podía ver al papa, se optó por colocarlo en el presbiterio frente al altar de la confesión de la basílica.
Frente al altar hay muy poco espacio en el diseño original, pues donde termina la parte alzada que circunda el baldaquino inicia la balaustrada de la escalera que permite bajar al sepulcro del Apóstol Pedro.
Por ello, se hizo una ampliación de madera al presbiterio por la parte delantera, que va más allá de la parte que cubre el baldaquino, se apoya en la balaustrada de la escalera, y tapa la base de las columnas jónicas del baldaquino. Con esta ampliación, los ministros pueden caminar delante del trono papal. Esta ampliación se extiende por los extremos más allá del baldaquino, en donde se colocan escaleras laterales por donde se puede subir al presbiterio, además de por las escaleras posteriores y laterales originales.
En un primer momento, las nuevas escaleras solo permirían subir de lado, pero ahora permiten subir por adelante o por detrás.
En la siguiente foto puede apreciarse desde abajo la ampliación de madera del presbiterio de la Basílica de San Pedro construida durante el Concilio Vaticano II, para que el papa pudiera presidir las sesiones desde el presbiterio.
Desde que Mons. Guido Marini fue nombrado Maestro de las Celebraciones Litúrgicas, en este lugar se coloca el trono papal cuando el Santo Padre celebra la Santa Misa. En otras celebraciones litúrgicas, como la Celebración de la Pasión del Señor el Viernes Santo, las vísperas, celebraciones penitenciales o celebraciones de la palabra, el trono papal se coloca en la nave de la basílica, del lado izquierdo viendo de frente al altar, sobre una grada móvil que se pone para la ocasión. La única excepción a esto han sido los consistorios, en que se ha colocado el trono papal frente al altar de la confesión.
